战船系统是三国志战略版水战玩法的核心机制，玩家需要掌握船只改装、武将操练和战术指令三大模块才能充分发挥水上作战优势。船只改装分为行军类和战斗类两大方向，神行和坚韧属于行军改装，前者提升移动速度适合中后期大规模调动，后者降低水中攻城体力消耗，是器械队突破关隘的关键选择。战斗类改装包括善水、孤军、坚守和强攻，善水能弥补非东吴武将的水军适性短板，孤军则要求部队周围无友军才能触发增益效果。
武将操练系统打破了吴国水军一家独大的局面，所有武将均可通过消耗操练点提升水军适性等级。适性从C到S分为四个等级，每提升一级都会带来属性加成，C级降低5%属性而S级提升5%属性。操练点主要通过时间积累和PVP行为自动获取，测试数据显示将C适性提升至S需要总计9500操练点。这项机制使得司马懿等陆战武将也能通过培养成为水战主力。
战术指令系统提供六种水上特殊技能，焚舟指令可对敌方水军营地造成额外伤害并还原火烧连环船的历史场景，渡江指令消耗20体力使部队获得隐身状态并在显形后首回合获得群体先攻优势。巡航指令属于挂机驻守机制，部队放置在水军营地可自动巡逻并提升触敌概率，这种设定大幅降低了操作负担。接舷指令的特殊性在于跳过战平时间，强制敌我双方战斗至决出胜负，对司马盾等持久型队伍尤为有利。
水寨是战船功能的中枢建筑，达到八本等级后解锁建造权限。水寨界面整合了船只改装、技术研发和武将培养等功能模块，其中技术研发包含六个可解锁项目。同一支队伍只能激活一种改装效果，且更换改装必须返回城内操作。舰船在战斗中被摧毁后需要重新建造，当高级舰船库存不足时会自动降级使用基础走舸出战。
水域作战存在特殊规则，部队通过渡口进入水路后，行军相遇即触发战斗且无需连地即可攻击沿岸建筑。每格水路最多容纳20支船队，水军营地作为战略支点需要先占领相邻渡口才能进攻。武将的水军适性会直接影响水上战斗属性，初始适性普遍为B或C级，满级船坞可将上阵武将适性统一提升至A级。
