击败肉山标志着游戏正式进入困难模式，世界将发生不可逆转的变化。首要任务是使用肉山掉落的神圣之锤破坏腐化之地或猩红之地的恶魔祭坛，每个被摧毁的祭坛会为世界生成三种新矿石：钴蓝/钯金矿、秘银/山铜矿、精金/钛金矿。建议至少保留一个祭坛用于后续合成，破坏数量越多，矿石生成量越大，但怪物强度也会相应提升。新矿石是制作进阶装备的基础材料，需优先挖掘并制作对应镐具和防具套装。
完成基础装备更新后，需着手应对腐化或猩红地形的蔓延问题。神圣与邪恶生物群落会以稳定速度扩散，可通过挖掘至少三格宽的隔离带或种植向日葵进行遏制。同时建议在丛林区域为巫医建造住所，夜晚时可向其购买叶之翼替代气球束，显著提升机动性。地下神圣与腐化环境会生成光之魂与暗之魂，这些材料能合成机械BOSS召唤物及强力武器，如代达罗斯风暴弓或玛瑙散弹枪。
机械三王是困难模式中期关键挑战，推荐按机械蠕虫、双子魔眼、机械骷髅王的顺序攻略。击败任意机械BOSS会触发丛林疯长状态，世纪之花花苞开始在地下丛林生成。使用钛金/精金套装配合代达罗斯风暴弓可有效应对机械BOSS，战斗前需搭建多层平台并布置心形雕像、篝火等辅助设施。击败世纪之花将获得神庙钥匙，同时地牢怪物会强化并掉落灵气等进阶材料。
