净化和污染是游戏环境系统的核心机制之一。腐化之地和猩红之地作为主要污染源，会不断蔓延并改变周围地形，影响生物群落生成和NPC居住条件。净化则是通过特定工具将受污染区域恢复为原始状态，或转化为神圣之地等有益环境。理解这一机制对资源管理、建筑保护和游戏进程推进至关重要。
污染区域会生成独特的敌怪和掉落物，是某些关键材料的唯一来源。腐化之地产出暗影鳞片和恶魔祭坛，猩红之地提供组织样本和血肉祭坛。若放任污染蔓延，可能导致丛林、沙漠等重要生态被侵蚀，影响特定资源的获取。污染在地下会通过蔓生的荆棘和裂隙扩散，地表则通过紫色或红色的草皮传播，速度随游戏进度提升。
净化工具主要包括净化粉和环境改造枪。净化粉由树妖NPC出售，能直接转化单个污染方块，成本低但效率有限。环境改造枪是蒸汽朋克人出售的困难模式工具，配合绿溶液可大范围净化，适合处理深层污染。神圣溶液可将污染转化为神圣之地，蓝溶液用于创建夜光蘑菇生态。使用改造枪时需注意溶液消耗量，建议沿直线喷涂以提高效率。
需在地表与地下同时挖掘至少六格宽的隧道，并用不可腐蚀的物块如木材、粘土填充三格核心区域。重点保护丛林和居住区，因为丛林被完全侵蚀将无法召唤世纪之花。在困难模式前完成主要隔离工程能显著降低后期维护难度。污染检测可通过环境分析仪或观察背景音乐变化实现。
神圣之地作为污染的对抗形态，具有抑制污染蔓延的特性。其独特的晶塔系统和幸福度加成对NPC安置有利，但过度神圣化同样会破坏原生态平衡。完全净化全世界虽可行但会丧失污染专属资源获取途径，建议保留小片污染区并严格隔离。背景墙的净化需依赖环境改造枪，普通净化粉对部分特殊墙体无效。利用地图查看器定位遗漏的污染区块，重点检查地下洞穴和沙漠边缘。在击败世纪之花后污染蔓延速度减半，但完全停止仍需人工干预。合理规划污染区、神圣区与纯净区的比例，既能维持生态多样性，又能确保关键功能区的安全。
