女神异闻录5皇家版的小游戏系统为玩家提供了丰富的休闲体验，其中填字游戏、飞镖、课堂答题等玩法不仅能提升角色属性，还深度融入日常剧情。填字游戏在卢布朗咖啡店进行，玩家需根据题目在右侧给定字库中选取答案，每道题仅能使用一次文字素材。
飞镖小游戏采用X01竞赛规则，分为301、501、701三种模式，明智吾郎专属701难度较高。投掷时需注意分值区与倍数区的分布，20分区三倍环位于外围窄条区域。关键机制在于第四回合精准清零分数可触发双倍换手等级提升，这对战斗中的连携攻击增益显著。异常状态下的TECHNICAL系统能通过飞镖练习强化，例如对睡眠敌人使用风属性攻击可造成额外伤害。
课堂问答和考试系统贯穿学期日程，题目涵盖文学、历史、科学等领域。回答正确可增加知识属性及教师好感度，错误选项不影响主线但会减少成长效率。部分问题存在逻辑关联，如牛顿第一运动定律与后续物理课内容形成递进关系，建议优先完成死神COOP解锁SP恢复道具以保障学习时长。
双子COOP课题涉及特殊人格面具合成，需要严格按照指定公式组合。例如魔术师杰克灯笼与皇帝国王霜精合成杰克霜精时，必须确保素材面具等级符合要求。此玩法与天鹅绒房间的电椅刑系统联动，将特定面具转化为装备道具需提前规划合成路线。战斗外的COOP事件如芳泽霞的新体操训练会影响第三学期开启条件，但未达标仅限制部分剧情而非完全封锁。
吉祥寺新增的桌球与棒球练习场提供灵巧属性训练，前者通过角度测算实现连续进球，后者需把握挥杆时机击中不同距离的球靶。这些小游戏与日常活动共享时间资源，建议优先完成节制COOP解锁按摩功能以延长可活动时段。部分迷你游戏如钓鱼和电脑病毒破解存在隐藏成就，但奖励属性与主线进度无直接关联。
