商业中心作为核心经济区域，通常建造后无法直接拆除。游戏机制限制了对已建成区域的移除功能，除非采取极端手段如夷平整座城市。若需调整商业中心布局，只能通过城市规划阶段谨慎选址避免后期改动。唯一例外是当城市人口为负数且区域内仅剩单一建筑时，可使用移除技术永久清除，但该情况极为罕见。
商业中心与其他区域联动产生相邻加成，紧邻港口或河流时额外提供金钱收益。拆除限制源于其经济价值，尤其是市场、银行等建筑带来的持续金币收益。若强行移除商业中心，将导致贸易路线中断、大商人点数获取受阻等连锁反应。部分玩家尝试通过宣战送城再夺回的方式间接摧毁区域，但操作复杂且代价高昂。
建造者单位无法对商业中心执行清除操作，这与渔场、牧场等可拆除地貌形成鲜明对比。游戏设计层面强调区域建设的不可逆性，要求玩家在铺设商业中心前充分考虑地形、资源分布及长期发展战略。工业区、娱乐中心等区域同样受此规则约束，反映出文明6对城市规划严谨性的重视。
MOD或官方调谐器可突破拆除限制，但会破坏游戏平衡。部分玩家选择保留冗余商业中心，转而通过新增区域稀释其影响。若商业中心严重阻碍奇观建设，需评估保留城市与重建新城的成本差异。该机制促使玩家更注重前期布局，而非依赖后期修正。玩家应通过精确选址和前瞻性规划规避调整需求，而非依赖后期拆除。这种设计强化了策略游戏的决策权重，将区域建设转化为影响全局的长线投资。
