秘密任务的核心机制在于场景互动与逻辑推理，每个关卡都设计了独特的机关和线索，要求玩家保持耐心和细致。进入游戏后，首先要熟悉基础操作方式，包括点击屏幕查看场景、与物品互动、组合道具等。初期关卡会引导玩家掌握这些基本技巧，例如通过点击靶子触发机关或使用钳子调整门锁结构。关键在于不放过任何细节，墙上的画像、家具摆设甚至文字提示都可能隐藏重要信息。
游戏中的道具系统是解谜的重要支撑，许多物品需要组合使用才能发挥作用。例如藤杖头与手杖把手组合成完整手杖，镜框、镜片和透镜罩合成双目镜等。道具获取通常需要先解开局部谜题，比如在剧场房顶通过暗门密码获得机械面罩，或从留声机中取出唱片和高音符。部分道具具有多重用途，需在不同场景中反复使用。道具栏的管理也避免遗漏关键物品。某些特殊道具如撬锁工具、指甲锉等能开启隐藏区域，而像禁闭之石标志这类剧情道具则直接影响关卡推进。
谜题设计涵盖多种类型，包括密码破译、机关触发、液体调配等。密码类谜题需要从环境线索中提取数字或符号，如通过显微镜调整清晰度获取颜色密码；机关类谜题则强调操作顺序，例如留声机转盘的安装与位置调整必须严格遵循步骤。配药环节是典型难点，需运用容器转换技巧和数学逻辑，按红→绿→蓝的顺序调配特定单位液体。所有谜题都遵循观察-假设-验证的解决逻辑，遇到困难时可尝试多角度思考，但切忌过度依赖提示功能以免降低游戏体验。
剧情场景的衔接与转换是游戏另一特色。从剧场入口到房顶，再到后台和集团宝库，每个场景都承载独立谜题又相互关联。进入黑暗之城后，游戏难度显著提升，火车站吊车操作、花园广场相机组装等环节需要综合运用前期积累的技巧。最终逃脱需整合所有线索，包括收集禁闭之石标志、完成小游戏等。整个过程强调策略性，合理分配时间在不同区域探索，同时注意场景变化带来的新机制。游戏结局取决于是否完整解开所有核心谜题，因此回溯检查遗漏线索也是必要步骤。
游戏体验的优劣很大程度上取决于玩家的观察力和逻辑思维。建议保持屏幕亮度适中以便发现暗处细节，遇到卡关时可暂时离开当前场景寻找新线索。部分谜题如显微镜调焦（上上右右右左左）或吊车位置调整（公牛标识左右键控制）存在固定解法，需耐心尝试。虽然游戏没有严格时间限制，但过度拖延可能导致思路中断。密室逃脱13秘密任务通过环环相扣的谜题设计和沉浸式场景构建，为解谜爱好者提供了扎实的挑战乐趣。
