兵种选择是武将搭配的核心环节之一，直接影响战斗胜负。武将的兵种适性分为S、A、B、C四个等级，S级适性可发挥120%属性，A级为100%，B级为85%，C级则严重削弱战力。优先选择S级适性兵种，若武将无S级兵种，则根据阵容需求选择A级兵种，避免使用B级或C级兵种。兵种之间存在克制关系：骑兵克盾兵、盾兵克弓兵、弓兵克枪兵、枪兵克骑兵，合理利用克制关系可大幅提升胜率。
武将的兵种选择需结合其定位与战法特性。输出型武将如吕布、关羽等，通常优先选择能最大化其伤害的兵种，例如吕布的S级骑兵适性可搭配西凉铁骑提升爆发，或选择虎豹骑增强控制能力。谋略型武将如诸葛亮、陆逊，则更适合弓兵或枪兵，利用无当飞军或白毦兵的谋略加成强化输出。辅助型武将如曹操、刘备，可根据队伍需求选择盾兵或枪兵，侧重生存或控制效果。
特殊兵种是进阶玩法的重要组成部分，需通过特定武将传承获得。例如白马义从可提升弓兵的先攻和主动战法发动率，适合依赖先手的阵容；藤甲兵能大幅降低盾兵的兵刃伤害，但需注意规避灼烧效果；陷阵营提供前3回合的急救状态，适合持久战。选择特殊兵种时需权衡其增益与副作用，例如西凉铁骑的会心加成虽高，但缺乏防御能力，需搭配高爆发武将快速解决战斗。
同一队伍的三名武将最好选择同一种兵种，以激活阵营加成并简化指挥。若无法达成，至少确保主输出武将的兵种不被敌方克制。以枪兵为主的队伍应尽量避免与骑兵主力交锋，而盾兵队伍则需警惕弓兵的高爆发。兵种与战法的联动也至关重要，例如突击战法搭配骑兵可触发连击效果，而主动战法则更适合弓兵或枪兵。
实战中需根据敌方阵容动态调整兵种。侦察敌方兵种后，可针对性更换克制兵种，例如用枪兵应对骑兵主力，或用弓兵压制盾兵。若无法侦察，则优先选择泛用性较高的兵种，如枪兵或弓兵，避免被单一兵种完全克制。特殊情况下，可牺牲部分属性选择A级兵种，以换取关键克制效果。
