主将与副将的搭配是战斗胜负的核心机制之一。主将的生死直接决定整支队伍的成败，即使副将仍有余力，只要主将被击败，战斗即宣告失败。主将的选择需优先考虑生存能力与战术价值，例如具备高爆发或稳定控制的武将更适合担任主将。副将则需围绕主将的特性进行补充，例如提供增益、减伤或额外输出。主将通常位于队伍后方，攻击距离较远，而副将则承担更多承伤或辅助职责。
主将的选取还需结合武将的主将技。部分武将只有在主将位置时才能触发特殊效果，例如提升属性或附加额外伤害。若忽略这一点，可能导致阵容强度大打折扣。副将虽然不直接影响胜负，但其战法搭配能显著影响主将的发挥。部分副将战法可为主将提供保护或强化输出，如增加属性、回复兵力或施加控制效果。副将的兵种适性也需与主将协调，避免因兵种克制而暴露弱点。
队伍统御值的分配是主副将搭配的另一关键。高统御值武将通常能力更强，但会占用更多资源，需平衡整体阵容的强度与灵活性。低统御副将若能通过战法弥补属性差距，则可腾出资源用于主将的强化。部分辅助型副将仅需3-4统御值，却能通过战法为主将提供稳定的增益或减益效果。阵营加成也是考量因素，同阵营主副将搭配可激活额外属性提升，进一步优化队伍表现。
部分战法能针对主将发起攻击，因此副将需配备嘲讽、援护或治疗类技能以分散敌方火力。郭嘉的十胜十败可为主将提供免控效果，而华佗的青囊则能持续恢复兵力。速度属性的调整也需注意，确保主将能在关键时刻优先出手或规避致命伤害。若主将生存压力过大，可牺牲部分输出能力，转而选择防御型兵书或装备。面对爆发型队伍时，主将需侧重防御；对抗持久战时，则可强化输出或续航能力。战法的联动性也不容忽视，例如主将的群体伤害技能可与副将的减防效果叠加，形成连锁反应。
