石门解谜是游戏的核心玩法之一，需要玩家通过观察环境、解读线索和操作机关来逐步推进。石门通常由多个部分组成，包括左右两侧的机关和中间的通道。首先需要转动左右两侧的机关，打开两侧的线索门，根据门内墙壁上的图案提示调整机关位置。例如生命通道的石门解谜中，右侧机关需转到三个圆点，左侧转到0，中间第一道门会打开并露出新的密码锁。
第二阶段的解谜需要继续按照新出现的线索操作。在生命通道场景中，第二道门的密码锁要求左侧保持0，右侧调整为一，第二道石门会打开并触发剧情对话。约拿会提示下一步的操作方向，玩家需根据对话内容调整后续步骤。第三阶段的密码锁通常更为复杂，需要将左右两侧的机关分别调整为0和七，最终完成全部机关操作后，中间的主通道会完全开启。
部分石门的解谜机制会涉及环境互动，例如库阿克雅库遗址的大门需要通过侧面房间的符号提示来解决谜题。玩家需要先操纵主拨盘使机关自动锁定，然后进入侧面房间记录新出现的符号，再返回主拨盘调整对应位置。这种多层解谜设计要求玩家在探索过程中保持对细节的关注，并及时记录关键线索。部分场景还会在解谜过程中触发地板破碎等突发事件，需要灵活应对。
对于太阳神庙等特殊场景的石门，解谜方式会结合光线反射机制。这类谜题通常需要玩家操作多个镜面装置，通过调整角度将阳光反射到指定位置的柱子上。每个镜面的调整顺序和角度都有严格的要求，错误的操作会导致光线路径中断。玩家需要按照1号至4号镜面的固定顺序逐步调整，最终将光线引导至中央平台才能激活石门机关。
