秘卷是提升战斗力的关键道具之一，合理装备和使用秘卷能显著增强忍者的实战能力。秘卷系统允许玩家为忍者装备一个主动技能，这些技能拥有独立的冷却时间，可在一场战斗中多次使用，与一次性召唤兽技能形成互补。秘卷不仅提供特殊技能效果，还会附带属性加成，但需注意相同属性的秘卷提供的属性数值相同，选择时应以技能效果为优先考量。秘卷碎片主要通过小队突袭、游戏活动及商城购买等途径获取，激活秘卷需要5个碎片，后续可通过消耗碎片提升等级来增强效果。
秘卷装备流程十分简单，玩家只需点击游戏主界面左下角的秘卷按钮，进入秘卷管理界面后选择想要装备的秘卷，点击右下角的装备按钮即可完成操作。没有秘卷的玩家需要先通过小队突袭玩法获取秘卷碎片。秘卷分为多种类型，包括buff类（如禁术·阴愈伤灭、掌仙术·活）、自我保护类（如水遁·水冲波、冰遁·冻雪）、限制走位类（如雷遁·雷电击、风遁·风杀阵）以及强控类（如木遁·扦插之术），不同类型的秘卷适用于不同的战斗场景和忍者搭配。
小队突袭是获取普通秘卷碎片的主要途径，开启三倍奖励能显著提升效率；直购礼包性价比较高，适合追求快速提升的玩家；而特惠礼包中的普通秘卷碎片则不建议优先购买。秘卷等级提升后，其伤害加成、冷却时间和属性加成都会得到改善，但需注意30级后收益会减半。部分稀有秘卷如霸体（阴愈伤灭）需要通过特定活动获取，而时空间忍术等特殊秘卷则已暂时无法获得。
在实战中，秘卷的选择应与忍者特性相匹配。具有突进技能的忍者适合搭配buff类秘卷以增强爆发力；跑酷流忍者更适合自我保护类秘卷来应对近身威胁；远程消耗型忍者则能充分发挥限制走位类秘卷的优势。强控类秘卷虽然效果强大但冷却时间较长，需要把握关键时机使用。秘卷与通灵兽的搭配也值得考量，控制型通灵能弥补秘卷的冷却空档，形成连续压制。秘卷系统的深度还体现在部分忍者的专属秘卷上，如秽土转生宇智波鼬可将幻术·此处非之术转变为幻术·伊邪那美，白面具宇智波斑能将忍体术·反变为宇智波反弹。
